有基礎不同、特點不同、對象不同。特點不同：儀器分析靈敏度高、取樣量少、能進行多信息或特殊功能的分析、在低濃度下的分析準確度較高。化學分析是集分離和測定于一體，是多組分物質高效、快速、靈敏的分析方法。
基礎不同：儀器分析是以物質的物理和物理化學性質為基礎建立起來的一種分析方法。利用較特殊的儀器，對物質進行定性分析，定量分析，形態分析。化學分析通過適當的方法如沉淀、揮發、電解等使待測組分轉化為另一種純的、化學組成的固定的化合物而與樣品中其他組分得以分離，然后稱其質量，根據稱得到的質量計算待測組分的含量。對象不同：儀器分析的分析對象一般是半微量（0.01~0.1g）、微量（0.1~10mg）、超微量（0.1g）組分的分析，準確度高。化學分析以工業上的原材料、半制品、成品、農業上的土壤、肥料、飼料以及交通運輸上的燃料、潤滑劑等為對象。